La batalla de Villalar, en abril de 1521, selló la derrota de los comuneros, llevando al patíbulo a sus tres caudillos: Juan Bravo, Padilla y Maldonado.

En los primeros días de mayo las Comunidades se fueron rindiendo, menos Toledo, donde los más acérrimos comuneros resistieron apoyando a doña María Pacheco, viuda de Padilla.

Las Comunidades de Castilla nacieron como respuesta al profundo malestar que se derivó de la llegada de Carlos I. El nuevo monarca llegó rodeado de una corte flamenca, cuyo comportamiento generó rechazo en Castilla. Las Cortes de Valladolid expresaron este malestar, recordándole al joven Carlos que su madre, doña Juana, seguía siendo la reina. Además, se produjo una salida casi masiva de moneda hacia Flandes, y se concedieron muchas mercedes a los extranjeros. En 1519 llegaba la noticia de que Carlos ha sido elegido emperador. Este hecho generaría grandes gastos y las protestas se multiplicaron.

Toledo propuso que las ciudades con voto en Cortes tratasen de las repercusiones que para Castilla podría traer la elección imperial, llegando a proponer una especie de regencia si el rey marchaba a Alemania, aunque la idea no prosperó. El clima de tensión estaba reflejando el interés de la burguesía castellana por intervenir en los asuntos de gobierno en un momento en el que llegaba una dinastía extranjera con preocupaciones que iban más allá del reino.

La elección de procuradores para las Cortes convocadas en marzo de 1520 en Santiago generó una amplia discusión en todo el reino, que terminó por articularse en un texto donde se planteaba el rechazo al Imperio. Pero Carlos estaba empeñado en su elección, y marchó en mayo dejando como gobernador al cardenal Adriano de Utrecht. Toledo se alzó y su decisión fue seguida por distintas ciudades.

En el mes de agosto se reunió en Ávila una Santa Junta. Adriano y el Consejo Real comenzaron a reprimir el movimiento. Padilla entró en Tordesillas, donde residía recluida la reina Juana. La mayoría de las ciudades con derecho a voto en las Cortes se incorporaron a las Comunidades, y la Santa Junta se constituyó como órgano de gobierno en nombre de la reina.

El desarrollo de estos hechos provocó la reacción señorial y de la alta burguesía, especialmente la burgalesa. El Gobierno, con apoyo portugués y de esos estamentos, consiguió desalojar a los comuneros de Tordesillas. Después llegaría la batalla de Villalar y la resistencia numantina de María Pacheco. Carlos regresaría en el verano para liquidar el movimiento, ejecutando a los principales comuneros e indultando al resto.

La guerra de las Comunidades supuso el fracaso de la burguesía castellana para cuestionar el nuevo poder, pero Carlos aprendería algunas lecciones y procuraría que Castilla se convirtiera en el centro de su Imperio.